網(wǎng)站結(jié)構(gòu)的第二意義指的是鏈接結(jié)構(gòu)，或稱為邏輯結(jié)構(gòu)，也就是網(wǎng)站內(nèi)部鏈接形成的鏈接的網(wǎng)絡(luò)圖。比較合理的鏈接結(jié)構(gòu)通常是樹形結(jié)構(gòu)。
當然，對于搜索引擎來說更重要的是鏈接結(jié)構(gòu)，而不是物理結(jié)構(gòu)。不少人有誤解，認為物理結(jié)構(gòu)比較深的頁面不容易被搜索引擎收錄，比如說：
http://xinyiddc.cn/cat1/cat1-1-1/pageA.html
如果這個頁面在網(wǎng)站首頁上有一個鏈接，對搜索引擎來說它就是一個僅次于首頁的鏈接結(jié)構(gòu)意義上的二級頁面。收錄容易與否在于頁面處于鏈接結(jié)構(gòu)的什么位置，離首頁有幾次點擊距離，而不是它的目錄層次。
